Инструменты

* php - интерпретатор php
* phpdocumentor - документатор (версии 1, 2)
* apigen - документатор (более стабильный)
* xdebug - дебаггер
* PEAR - классы, скромные аналоги CPAN
* phpinfo(),var_dump(),print_r() - очень полезные функции для дампов
* SimpleTest, PHPUnit - тесты кода

C PHP удобно работать почти во всех редакторах,
многие редакторы имеют специальную заточку под PHP:

* Eclipse
* Netbeans
* Geany
* Vim
* Emacs
* nano

Для отладки в консольном режиме PHP с XDEBUG нужно запускать скриптом:

$ cat php-xdebug.sh

#!/bin/bash
export XDEBUG_CONFIG="idekey=xdebug"
/usr/bin/php "$@